Die Pfarrkirche Münsterlingen war ursprünglich Kirche des Benediktinerinnenklosters. Sie wurde 1711 bis 1716 gebaut und 1727 vom Weihbischof von Konstanz geweiht. Baumeister und Architekt war der Walser Franz Beer aus dem Bregenzerwald. Die Kirche wurde in der Zeit des Hochbarock gebaut. Die Aussenrenovation erfolgte 1974, als auch das Spital renoviert wurde. Die Kirchenpatrone sind Remigius, Walburga und Scholastika.
Im Absperrgitter vor dem Altar sind Elemente des Bandelwerks im Régencestil
enthalten. Das 1736 datierte Gitter hat der Schmied Jakob Hoffner aus Konstanz
gefertigt. Die Deckenmalereien stammen von Jacob C. Stauder. Das Altargemälde
hat sein Vater Franz C. Stauder hergestellt.
Ein weiteres Charakteristikum ist der Rosenkranzaltar: die Medaillons stellen die
Geheimnisse des Rosenkranzes dar. Die Büste des Evangelisten Johannes wechselt
nach altem Brauch bei jeder Seegfrörni in einer feierlichen Prozession ihren Standort
zwischen Münsterlingen und Hagnau. Seit 1963 steht sie in Münsterlingen. Mit dem
Hungertuch aus dem Jahr 1565 wurde in der Karwoche der Altar verhüllt.
Auf dem Leinentuch ist Christus mit allen Passionswerkzeugen dargestellt.
Das goldene Fenster oberhalb des Hochaltars ist eine weitere Besonderheit.
Farbfenster wurden im Barock normalerweise nicht eingesetzt.